De waterkwaliteit in Delfland laat nogal wat te wensen over. Om de kwaliteit van het water te verbeteren moeten vooral de vervuilende stoffen in het water worden aangepakt.
In alle waterlichamen in Delfland zit te veel stikstof, fosfaat, koper en zink in het water, behalve in de duinwaterplassen van Solleveld en Meijendel. Bestrijdingsmiddelen worden vooral gebruikt in de tuinbouw en de landbouw. Daarom treft Delfland die stoffen vooral in de Westboezem en Polder Berkel aan. In de Oostboezem is het water vervuild met PAK's en tributyltin. Dit heeft vermoedelijk te maken met de beroepsscheepvaart.

Ook de ecologie in Delfland is niet op orde. De slechte ecologische toestand komt deels door de vervuiling van het water, vooral door stikstof en fosfaat. Maar de belangrijkste oorzaak is misschien wel de manier waarop veel water en oevers zijn vormgegeven, waardoor planten en dieren niet goed gedijen op en langs het water. Ze hebben er bijvoorbeeld last van dat er te weinig paaigebieden en opgroeigebieden voor vis zijn. Daarnaast komen vissen overal in het Delflandse watersysteem nogal wat onneembare barrières zoals gemalen en stuwen tegen. Ze kunnen daardoor niet van de ene naar de andere plek zwemmen.
Het water in Delfland zit vol met verontreiniging. Die komen daar onder andere terecht door regenwater, dat via wegen, daken en regenpijpen naar het oppervlaktewater stroomt. Vooral regenwater afkomstig van zinken dakgoten en bemeste weilanden bevat veel verontreiniging. Ook het bedrijfsafvalwater van de glastuinbouw komt nu nog in het oppervlaktewater terecht, terwijl er bestrijdingsmiddelen en meststoffen in zitten. Tenslotte is er nog de luchtvervuiling waardoor schadelijke stoffen uit de lucht (afkomstig van verkeer en industrie) in het water komen. Dat moet allemaal minder, want de mate van verontreiniging bepaalt de kwaliteit van onze leefomgeving.
Veel maatregelen die zorgen voor minder watervervuiling hebben te maken met riolering. Alles wat via het riool in het water komt, wordt eerst door de afvalwaterzuiveringsinstallaties van Delfland gezuiverd. Door de glastuinbouw in het Westland aan te sluiten op de riolering zal de waterkwaliteit daar een heel stuk verbeteren. Daarnaast zorgt Delfland op plekken waar dat kan dat regenwater dat op drukke wegen valt niet in het riool komt.
Ecologie is de wisselwerking tussen planten, dieren en hun leefomgeving. Om te weten of die relatie gezond is kijken we naar indicatoren. Aan deze indicatoren zoals waterkevers, libellen, witte waterlelie, kattestaart, salamanders en snoek lezen we de waterkwaliteit af.
In voedselrijk water - met veel meststoffen - zitten veel algen en kroos. Daardoor is het water minder helder en kunnen waterplanten niet groeien. Die waterplanten zijn juist nodig voor roofvis zoals de snoek. De snoek verschuilt zich bij deze planten bij zijn onderwater jacht op andere vissen. Als er minder roofvis is, krijgt bodemwoelende vis meer kans om te overleven. En dat is niet goed. Want door het omwoelen van de bodem wordt het water troebel, en komen de meststoffen die op de bodem liggen los.
De visstand in de Delflandse wateren is erg eenzijdig. In de sloten en kanalen in Delfland komt voornamelijk veel brasem en kleine, nog niet visetende baars voor en maar weinig roofvissen. Maatregelen die Delfland gaat nemen voor het verbeteren van de ecologie zijn de aanleg van natuurvriendelijke oevers en het inrichten van plekken waar vis kan opgroeien. Daarnaast gaat Delfland aan de slag met het visvriendelijke inrichten van gemalen.
