Op 21 december 2006 hebben Delfland en de gemeente Lansingerland een overeenkomst getekend. In deze overeenkomst is vastgelegd dat de gemeente bijdraagt aan de herinrichting van de Bergboezem Berkel en aan een bodemsanering.
De dag daarna, op 22 december 2006, hebben de provincie Zuid-Holland, de gemeente Pijnacker-Nootdorp, de gemeente Lansingerland en Delfland twee overeenkomsten getekend van de Groenzone-Bergboezem. De eerste overeenkomst, het bestuursconvenant, legt vast dat de gemeenten de verantwoordelijkheid van de uitvoering op zich nemen. De tweede overeenkomst, het financieringsarrangement, legt de financiële afspraken vast tussen de partijen. 
De Bergboezem Berkel valt in het bestemmingsplan Groenzone Berkel-Pijnacker. De drie kades rondom de Bergboezem zijn bestemd als 'Primair waterkering en waterstaatsdoeleinden'. De Bergboezem zelf is bestemd als 'Recreatie, Natuur en Waterberging' en 'Natuur'. Het bestemmingsplan is een belangrijk kader voor de uitvoering van de maatregelen.
In september 2006 hebben Gedeputeerde Staten van de provincie Zuid-Holland het bestemmingsplan Groenzone Berkel-Pijnacker goedgekeurd. De Raad van State heeft het goedkeuringsbesluit in december 2007 vernietigd omdat onvoldoende was gemotiveerd of een ontheffing op de Flora- en faunawet nodig was en verleend kon worden. Inmiddels is de ontheffing verleend en hebben Gedeputeerde Staten het bestemmingsplan in januari 2009 opnieuw goedgekeurd. Het bestemmingsplan Groenzone Berkel-Pijnacker is eind 2010 onherroepelijk geworden.
De deelnemende overheden in de Stuurgroep Groenzone (provincie Zuid-Holland, gemeente Lansingerland, gemeente Pijnacker-Nootdorp, Hoogheemraadschap van Delfland) hebben er op 20 november 2006 mee ingestemd dat Delfland het Definitief Ontwerp, de bestekken, de aanbesteding en gunning en de realisatie van de herinrichting van de Bergboezem op zich zal nemen. Bureau Beheer Landbouwgronden zal de gronden hiervoor beschikbaar stellen.
Delfland heeft het definitief ontwerp van de Bergboezem opgesteld in nauwe samenwerking met de provincie Zuid-Holland, de gemeente Lansingerland, de gemeente Pijnacker-Nootdorp, Dienst Landelijk Gebied en Staatsbosbeheer. Daarnaast zijn de inrichtingsplannen diverse malen toegelicht in de Klankbordgroep Groenzone-Bergboezem.
Voor de werkzaamheden zijn de volgende vergunningen aangevraagd en verleend:
Tegen enkele van deze vergunningen zijn bezwaren of beroepen ingediend.
